Familia de portadores de solutos

Familia de proteínas de transporte de membrana.

El grupo de proteínas transportadoras de membrana portadoras de solutos ( SLC ) incluye más de 400 miembros organizados en 66 familias. ^{[1] [2]} La mayoría de los miembros del grupo SLC se encuentran en la membrana celular . El sistema de nomenclatura de genes SLC fue propuesto originalmente por el Comité de Nomenclatura de Genes de HUGO ( HGNC ) y es la base para los nombres oficiales de HGNC de los genes que codifican estos transportadores. Se puede encontrar una clasificación más general de transportadores transmembrana en la base de datos TCDB .

Los solutos transportados por los distintos miembros del grupo SLC son extremadamente diversos e incluyen moléculas orgánicas cargadas y no cargadas, así como iones inorgánicos y el gas amoníaco .

Como es típico de las proteínas integrales de membrana , las SLC contienen varias hélices alfa transmembrana hidrofóbicas conectadas entre sí mediante bucles hidrofílicos intra y extracelulares. Dependiendo del SLC, estos transportadores son funcionales como monómeros u homooligómeros o heterooligómeros obligados. Muchas familias SLC son miembros de la superfamilia de facilitadores principales .

Alcance

Por convención del sistema de nomenclatura , los miembros dentro de una familia SLC individual tienen más del 20-25% de identidad de secuencia entre sí. Por el contrario, la homología entre familias de SLC es muy baja o inexistente. ^[3] Por lo tanto, el criterio para la inclusión de una familia en el grupo SLC no es la relación evolutiva con otras familias de SLC sino más bien funcional (es decir, una proteína de membrana integral que transporta un soluto).

El grupo SLC incluye ejemplos de proteínas de transporte que son:

• Transportadores facilitadores (permiten que los solutos fluyan cuesta abajo con sus gradientes electroquímicos ).
• transportadores activos secundarios (permiten que los solutos fluyan cuesta arriba contra su gradiente electroquímico mediante el acoplamiento al transporte de un segundo soluto que fluye cuesta abajo con su gradiente, de modo que el cambio general de energía libre sigue siendo favorable)

La serie SLC no incluye miembros de familias de proteínas de transporte que hayan sido clasificadas previamente mediante otros sistemas de nomenclatura ampliamente aceptados, incluidos:

• Transportadores activos primarios (permiten el flujo cuesta arriba contra gradientes electroquímicos), como los transportadores ABC ( ATP Binding Cassette), acoplando el transporte a un evento de liberación de energía, como la hidrólisis de ATP.
• canales iónicos
• acuaporinas (canales de agua)

Distribución subcelular

La mayoría de los miembros del grupo SLC están ubicados en la membrana celular , pero algunos miembros están ubicados en las mitocondrias (la más notable es la familia SLC 25) u otros orgánulos intracelulares .

Sistema de nomenclatura

Los nombres de los miembros individuales del SLC tienen el siguiente formato: ^[4]

${\displaystyle {\ce {SLCnXm}}}$

dónde:

• SLC es el nombre raíz ( S o L ute Carrier )
• n = un número entero que representa una familia (por ejemplo, 1-52)
• X = una sola letra (A, B, C, ...) que indica una subfamilia
• m = un número entero que representa a un miembro individual de la familia ( isoforma ).

Por ejemplo, SLC1A1 es la primera isoforma de la subfamilia A de la familia 1 de SLC.

Se produce una excepción con la familia SLC 21 ^[5] (el anión orgánico que transporta polipéptidos transportadores), que por razones históricas tiene nombres en el formato SLCOnXm donde n = número de familia, X = letra de subfamilia y m = número de miembro.

Si bien el HGNC solo asigna nomenclatura a genes humanos, por convención, los ortólogos de vertebrados de estos genes adoptan la misma nomenclatura (p. ej., ortólogos de SLC10A1 asignados por VGNC). Para los roedores, el caso de los símbolos difiere de otros vertebrados al utilizar mayúsculas y minúsculas, es decir, Slc1a1 denota el ortólogo de roedor del gen SLC1A1 humano.

Familias

Las siguientes familias se nombran en SLC: ^[6]

1. transportador de glutamato de alta afinidad y aminoácidos neutros ^[7]
   • ( SLC1A1 , SLC1A2 , SLC1A3 , SLC1A4 , SLC1A5 , SLC1A6 , SLC1A7 )
2. transportador facilitador GLUT ^[8]
   • ( SLC2A1 , SLC2A2 , SLC2A3 , SLC2A4 , SLC2A5 , SLC2A6 , SLC2A7 , SLC2A8 , SLC2A9 , SLC2A10 , SLC2A11 , SLC2A12 , SLC2A13 , SLC2A14 )
3. subunidades pesadas de transportadores de aminoácidos heterodiméricos ^[9]
   • ( SLC3A1 , SLC3A2 )
4. transportador de bicarbonato ^[10]
   • ( SLC4A1 , SLC4A2 , SLC4A3 , SLC4A4 , SLC4A5 , SLC4A6 , SLC4A7 , SLC4A8 , SLC4A9, SLC4A10, SLC4A11 )
5. cotransportador de glucosa y sodio ^[11]
   • ( SLC5A1 , SLC5A2 , SLC5A3 , SLC5A4 , SLC5A5 , SLC5A6 , SLC5A7 , SLC5A8 , SLC5A9, SLC5A10, SLC5A11, SLC5A12 )
6. sodio y cloruro dependientes de sodio: simportadores de neurotransmisores ^[12]
   • ( SLC6A1 , SLC6A2 , SLC6A3 , SLC6A4 , SLC6A5 , SLC6A6 , SLC6A7, SLC6A8 , SLC6A9 , SLC6A10, SLC6A11 , SLC6A12 , SLC6A13 , SLC6A14 , SLC6A15 , SLC6A16 , SLC6A18 , SLC6A19 , SLC6A20 )
7. transportador de aminoácidos catiónicos/asociado a glicoproteínas ^[13]
   • transportadores de aminoácidos catiónicos ( SLC7A1 , SLC7A2 , SLC7A3 , SLC7A4 )
   • Subunidades catalíticas/ligeras/asociadas a glicoproteínas de transportadores de aminoácidos heterodiméricos ( SLC7A5 , SLC7A6 , SLC7A7 , SLC7A8 , SLC7A9 , SLC7A10 , SLC7A11 , SLC7A13, SLC7A14 )
8. Intercambiador Na+/Ca2+ ^[14]
   • ( SLC8A1 , SLC8A2, SLC8A3)
9. Intercambiador Na+/H+ ^[15]
   • ( SLC9A1 , SLC9A2 , SLC9A3 , SLC9A4, SLC9A5 , SLC9A6 , SLC9A7, SLC9A8 , SLC9A9, SLC9A10 , SLC9A11 , SLC9B1, SLC9B2 )
10. cotransporte de sales biliares de sodio ^[16]
    • ( SLC10A1 , SLC10A2 , SLC10A3 , SLC10A4, SLC10A5, SLC10A6, SLC10A7 )
11. transportador de iones metálicos acoplados a protones ^[17]
    • ( SLC11A1 , SLC11A2 )
12. cotransportador catión electroneutro-Cl ^[18]
    • ( SLC12A1 , SLC12A1 , SLC12A2 , SLC12A3 , SLC12A4 , SLC12A5 , SLC12A6 , SLC12A7 , SLC12A8 , SLC12A9 )
13. Cotransportador sulfato/carboxilato de Na+ ^[19]
    • (SLC13A1, SLC13A2 , SLC13A3 , SLC13A4, SLC13A5 )
14. transportador de urea ^[20]
    • ( SLC14A1 , SLC14A2 )
15. cotransportador de oligopéptidos de protones ^[21]
    • ( SLC15A1 , SLC15A2 , SLC15A3, SLC15A4 )
16. transportador de monocarboxilato ^[22]
    • ( SLC16A1 , SLC16A2 , SLC16A3 , SLC16A4 , SLC16A5 , SLC16A6, SLC16A7 , SLC16A8 , SLC16A9 , SLC16A10 , SLC16A11, SLC16A12, SLC16A13, SLC16A14)
17. transportador vesicular de glutamato ^[23]
    • ( SLC17A1 , SLC17A2, SLC17A3 , SLC17A4, SLC17A5 , SLC17A6, SLC17A7 , SLC17A8 , SLC17A9 )
18. transportador de amina vesicular ^[24]
    • ( SLC18A1 , SLC18A2 , SLC18A3 )
19. transportador de folato / tiamina ^[25]
    • ( SLC19A1 , SLC19A2 , SLC19A3 )
20. cotransportador de Na+-fosfato tipo III ^[26]
    • ( SLC20A1 , SLC20A2 )
21. transporte de aniones orgánicos ^[27]
    • subfamilia 1 ( SLCO1A2 , SLCO1B1 , SLCO1B3 , SLCO1C1 )
    • subfamilia 2 ( SLCO2A1 , SLCO2B1 )
    • subfamilia 3 ( SLCO3A1 )
    • subfamilia 4 ( SLCO4A1 , SLCO4C1)
    • subfamilia 5 (SLCO5A1)
    • subfamilia 6 (SLCO6A1)
22. transportador de cationes orgánicos/aniones/zwitteriones ^[28]
    • ( SLC22A1 , SLC22A2 , SLC22A3 , SLC22A4 , SLC22A5 , SLC22A6 , SLC22A7 , SLC22A8 , SLC22A9 , SLC22A10 , SLC22A11 , SLC22A12, SLC22A13 , SLC22A14 , 15 , SLC22A16 , SLC22A17, SLC22A18, SLC22A18AS , SLC22A19 , SLC22A20, SLC22A23, SLC22A24 , SLC22A25 , SLC22A31. )
23. Transportador de ácido ascórbico dependiente de Na+ ^[29]
    • ( SLC23A1 , SLC23A2 , SLC23A3, SLC23A4)
24. Intercambiador Na+/(Ca2+-K+) ^[30]
    • (SLC24A1, SLC24A2, SLC24A3, SLC24A4 , SLC24A5 , SLC24A6)
25. portador mitocondrial ^[31]
    • ( SLC25A1 , SLC25A2, SLC25A3 , SLC25A4 , SLC25A5 , SLC25A6 , UCP1(SLC25A7) , UCP2(SLC25A8) , UCP3(SLC25A9) , SLC25A10 , SLC25A11 , SLC25A12 , SLC25A13 . LC25A14 , SLC25A15 , SLC25A16 , SLC25A17 , SLC25A18 , SLC25A19 , SLC25A20 , SLC25A21 , SLC25A22 , SLC25A23, SLC25A24 , SLC25A25, SLC25A26, SLC25A27 , SLC25A28 , SLC25A29, SLC25A30 , SLC25A31 , SLC25A32 , SLC25A33, SLC25A34. 35, SLC25A36, SLC25A37, SLC25A38 , SLC25A39 , SLC25A40 , SLC25A41, SLC25A42, SLC25A43, SLC25A44, SLC25A45, SLC25A46 ), SLC25A47, SLC25A48, MTCH1(SLC25A49) , MTCH2(SLC25A50) , SLC25A51, SLC25A52, SLC25A53
26. intercambiador de aniones multifuncional ^[32]
    • (SLC26A1, SLC26A2 , SLC26A3 , SLC26A4 , SLC26A5 , SLC26A6 , SLC26A7 , SLC26A8 , SLC26A9, SLC26A10, SLC26A11)
27. proteínas transportadoras de ácidos grasos ^[33]
    • ( SLC27A1 , SLC27A2 , SLC27A3 , SLC27A4 , SLC27A5 , SLC27A6 )
28. Transporte de nucleósidos acoplados a Na+ ^[34]
    • ( SLC28A1 , SLC28A2 , SLC28A3)
29. transportador facilitador de nucleósidos ^[35]
    • ( SLC29A1 , SLC29A2 , SLC29A3, SLC29A4 )
30. transportador de zinc ^[36]
    • ( SLC30A1 , SLC30A2, SLC30A3 , SLC30A4 , SLC30A5, SLC30A6, SLC30A7 , SLC30A8 , SLC30A9, SLC30A10 )
31. transportador de cobre ^[37]
    • ( SLC31A1 , SLC31A2 )
32. transportador vesicular inhibidor de aminoácidos ^[38]
    • ( SLC32A1 )
33. Transportador de acetil-CoA ^[39]
    • ( SLC33A1 )
34. cotransportador de Na+-fosfato tipo II ^[40]
    • ( SLC34A1 , SLC34A2 , SLC34A3 )
35. transportador de nucleótidos-azúcar ^[41]
    • subfamilia A ( SLC35A1 , SLC35A2 , SLC35A3, SLC35A4, SLC35A5)
    • subfamilia B (SLC35B1, SLC35B2 , SLC35B3, SLC35B4 )
    • subfamilia C ( SLC35C1 , SLC35C2 )
    • subfamilia D (SLC35D1, SLC35D2, SLC35D3)
    • subfamilia E (SLC35E1, SLC35E2A, SLC35E2B, SLC35E3, SLC35E4)
    • subfamilia F ( SLC35F1 , SLC35F2, SLC35F3, SLC35F4, SLC35F5)
    • subfamilia G (SLC35G1, SLC35G3, SLC35G4, SLC35G5, SLC35G6)
36. transportador de aminoácidos acoplado a protones ^[42]
    • ( SLC36A1 , SLC36A2 , SLC36A3, SLC36A4)
37. intercambiador azúcar-fosfato/fosfato ^[43]
    • ( SLC37A1 , SLC37A2 , SLC37A3, SLC37A4 )
38. Sistema A y N, transportador de aminoácidos neutros acoplados a sodio ^[44]
    • ( SLC38A1 , SLC38A2 , SLC38A3 , SLC38A4, SLC38A5 , SLC38A6, SLC38A7, SLC38A8, SLC38A9 , SLC38A10 , SLC38A11)
39. transportador de iones metálicos ^[45]
    • ( SLC39A1 , SLC39A2 , SLC39A3 , SLC39A4 , SLC39A5, SLC39A6 , SLC39A7 , SLC39A8 , SLC39A9 , SLC39A10 , SLC39A11 , SLC39A12 , SLC39A13, SLC39A14)
40. transportador de hierro basolateral ^[46]
    • ( SLC40A1 )
41. Transportador de magnesio tipo MgtE
    • ( SLC41A1 , SLC41A2, SLC41A3 )
42. Transportador de amoníaco ^{[47] [48]}
    • ( RHAG(SLC42A1) , RHBG(SLC42A2) , RHCG(SLC42A3) )
43. Transportador de aminoácidos similar al sistema L, independiente de Na+
    • ( SLC43A1 , SLC43A2, SLC43A3)
44. Transportador similar a la colina
    • ( SLC44A1 , SLC44A2 , SLC44A3, SLC44A4 , SLC44A5)
45. Transportador de azúcar putativo
    • ( SLC45A1 , SLC45A2 , SLC45A3 , SLC45A4 )
46. transportador de folato
    • ( SLC46A1 , SLC46A2, SLC46A3 )
47. extrusión de múltiples fármacos y toxinas
    • ( SLC47A1 , SLC47A2 )
48. Familia de transportadores de hemo
    • (SLC48A1)
49. transportador de hemo
    • ( FLVCR1(SLC49A1) , FLVCR2(SLC49A2) , SLC49A3, SLC49A4)
50. Transportadores de eflujo de azúcar de la familia SWEET
    • ( SLC50A1 )
51. Transportadores de moléculas derivadas de esteroides.
    • ( SLC51A , SLC51B )
52. Familia de transportadores de riboflavina RFVT/SLC52
    • (SLC52A1, SLC52A2 , SLC52A3 )
53. Portadores de fosfato
    • ( XPR1(SLC53A1)
54. Portadores de piruvato mitocondrial
    • ( MPC1 (SLC54A1), MPC2 (SLC54A2), MPC1L (SLC54A3))
55. Intercambiadores de cationes/protones mitocondriales
    • ( LETM1 (SLC55A1), LETM2(SLC55A2), LETMD1 (SLC55A3))
56. Sideroflexinas
    • ( SFXN1(SLC56A1) , SFXN2(SLC56A2), SFXN3(SLC56A3), SFXN4(SLC56A4), SFXN5(SLC56A5))
57. Familia de transportadores de magnesio tipo NiPA
    • ( NIPA1(SLC57A1) , NIPA2(SLC57A2) , NIPAL1(SLC57A3), NIPAL2(SLC57A4), NIPAL3(SLC57A5), NIPAL4 (SLC57A6))
58. Familia de transportadores de magnesio tipo MagT
    • ( MAGT1(SLC58A1) , TUSC3(SLC58A2 ))
59. Familia de simportadores de lisofosfatidilcolina dependiente de sodio
    • ( MFSD2A (SLC59A1), MFSD2B(SLC59A2))
60. Transportadores de glucosa
    • ( MFSD4A (SLC60A1), MFSD4B(SLC60A2))
61. Familia de transportadores de molibdato
    • ( MFSD5 (SLC61A1))
62. Transportadores de pirofosfato
    • ( ANKH (SLC62A1))
63. Transportadores de esfingosina-fosfato
    • (SPNS1(SLC63A1), SPNS2 (SLC63A2), SPNS3(SLC63A3))
64. Intercambiadores de Golgi Ca2+/H+
    • ( TMEM165 (SLC64A1))
65. Transportadores de colesterol tipo NPC
    • ( NPC1(SLC65A1) , NPC1L1(SLC65A2))
66. Exportadores de aminoácidos catiónicos
    • (SLC66A1, SLC66A2, SLC66A3 , CTNS(SLC66A4) , MPDU1 (SLC66A5))

SLC putativos

Las SLC putativas , también llamadas SLC atípicas, son proteínas transportadoras facilitadoras o activas secundarias novedosas y plausibles que comparten antecedentes ancestrales con las SLC conocidas. ^{[2] [49]} Sin embargo, los SLC atípicos de tipo MFS se pueden subdividir en 15 familias putativas de transportadores MFS (AMTF). ^[49]

Todos los supuestos SLC son transportadores de SLC plausibles. Algunos sólo son "atípicos" en lo que respecta a su nomenclatura; los genes tienen una asignación SLC pero como un alias, y han conservado su símbolo genético "no SLC" ya asignado como símbolo aprobado.

Aquí se enumeran algunos SLC putativos: OCA2 , CLN3 , TMEM104 , SPNS1, SPNS2 , SPNS3, SV2A , SV2B , SV2C, SVOP, SVOPL, MFSD1 , ^[50] MFSD2A , MFSD2B, MFSD3 , ^[50] MFSD4A , ^[51] MFSD4B, MFSD5 , ^[52] MFSD6, MFSD6L , MFSD8 , MFSD9 , ^[51] MFSD10, MFSD11 , ^[52] MFSD12, MFSD13A, MFSD14A , [ ^53] MFSD14B , ^[53] UNC93A ^{[54] [55]} y UNC93B1 .

Referencias

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Mesas SLC. Tablas SLC

enlaces externos

• Esquema de familias
• Conjuntos de datos y reactivos sobre la familia de portadores de solutos
• Lista de proteínas en el sitio web de HGNC