La autorización para la formación del cuartel general del cuerpo entró en vigor en Inglaterra el 14 de enero de 1943. Del 4 al 12 de marzo, el nuevo cuerpo canadiense participó en el Ejercicio Spartan, un ejercicio de entrenamiento a gran escala en el sur de Inglaterra. Este ejercicio reveló debilidades en el mando tanto del nuevo Cuerpo como del Primer Ejército Canadiense, y esto condujo directamente a varios cambios de liderazgo durante el año siguiente.
El primer comandante del II Cuerpo Canadiense fue el teniente general Ernest William Sansom , a partir del 15 de enero de 1943. Las preocupaciones sobre su capacidad de liderazgo y su salud hicieron que Sansom fuera reemplazado por el teniente general Guy Simonds el 29 de enero de 1944. Simonds dirigió el cuerpo durante el resto de su existencia. El 5 de mayo de 1945, en Bad Zwischenahn , en el norte de Alemania, Simonds aceptó la rendición de las fuerzas alemanas que se enfrentaban al II Cuerpo Canadiense al final de la guerra. El cuerpo fue desactivado el 25 de junio como parte de la desmovilización general.
El II Cuerpo Canadiense participó en operaciones de combate en el noroeste de Europa desde principios de julio de 1944 hasta justo antes del Día VE a principios de mayo de 1945. Durante la Batalla de Normandía , el cuerpo fue utilizado para encabezar el avance británico-canadiense desde Caen a Falaise . Con el cierre definitivo de la brecha de Falaise el 21 de agosto de 1944, las fuerzas alemanas restantes en el norte de Francia se vieron obligadas a una rápida retirada hacia posiciones defensivas en ciudades portuarias a lo largo de la costa y en las regiones justo al sur de los Países Bajos y fuera de los Países Bajos. fronteras occidentales de Alemania, Bélgica y el este de Francia. El Primer Ejército Canadiense formó el flanco izquierdo de los ejércitos aliados que avanzaban y estaba encargado de capturar o sellar los puertos ocupados por los alemanes en el norte de Francia y Bélgica. Dieppe , Boulogne , Calais , Cap-Gris-Nez y Ostende fueron capturadas en septiembre por tropas del II Cuerpo canadiense. Sin embargo, las defensas de Dunkerque demostraron ser tan fuertes que se decidió dejar sitiada la ciudad portuaria ocupada por los alemanes hasta el final de la guerra europea. Amberes había sido capturada por el Segundo Ejército británico el 4 de septiembre, pero las grandes instalaciones portuarias de la ciudad fueron inútiles para los aliados mientras las fuerzas alemanas continuaran ocupando las orillas del estuario del Escalda . Como punta de lanza del Primer Ejército Canadiense, el II Cuerpo Canadiense estuvo muy involucrado en la Batalla del Escalda para limpiar esas posiciones alemanas. El II Cuerpo Canadiense participó en las batallas para expulsar a las fuerzas alemanas de las provincias orientales de los Países Bajos, a través de la frontera occidental de Alemania, y luego para expulsarlas de la orilla occidental del río Rin . En las fases finales de la guerra, el II Cuerpo Canadiense avanzó hacia las provincias del norte de los Países Bajos y cruzó la frontera con Alemania hacia la costa del Mar del Norte . El 5 de mayo de 1945, el teniente general. Simonds recibió la rendición incondicional de las fuerzas alemanas que se enfrentaban al cuerpo en el norte de Alemania.
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