Es también famoso por las mujeres con las cuales estuvo vinculado durante su vida: se casó con la escritora feminista Mary Wollstonecraft en 1797 y junto a ella tuvo una hija, también llamada Mary, que ha pasado a la posteridad como la autora de la novela gótica Frankenstein.
Al principio era más radical en su calvinismo que sus propios profesores, llegando a ser considerado un sandemaniano o glasita (seguidor de John Glas).
Sin embargo, creía que un debate calmado era lo único que se necesitaba para realizar todo cambio, y desde el principio hasta el final de su carrera, despreció todo recurso a la violencia.
Con el apadrinamiento de Andrew Kippis, empezó a escribir en 1785 para el Annual Register y para otras publicaciones periódicas, produciendo también tres novelas de las que hoy día no se tiene más información.
Los Esbozos de Historia Inglesa, escritos para el Annual Register desde 1785 en adelante todavía hoy día son estudiados.
En 1793, con la revolución francesa en pleno apogeo, Godwin publicó su obra magna sobre ciencias políticas: The Inquiry concerning Political Justice, and its Influence on General Virtue and Happiness ("Disquisición sobre la justicia política y su influencia en la virtud y felicidad de la gente").
Aunque, hoy día, este trabajo es poco conocido y menos leído, supuso un hito en el pensamiento inglés.
Años después su influencia en escritores del Romanticismo como los poetas Lord Byron y Percy Bysshe Shelley sería considerable.
En 1801 se volvió a casar, esta vez con Mary Jane Clairmont, una suiza ginebrina que ya tenía dos hijos: Charles y Claire, y que le daría un segundo hijo propio: William.
Pero este segundo matrimonio no sería muy feliz y le impuso importantes cargas familiares.
Pero, en 1814 su hija Mary y su hijastra Claire huyeron con Shelley, lo que terminó con la amistad entre los dos.
En 1831 publicó la que sería su última colección de ensayos sobre filosofía política: Thoughts of Man.
Hijo afectivo y siempre dispuesto a dar parte de un duramente ganado sueldo a más de un pobre, mantenía que una relación natural no podía tener deudas con ningún hombre, o que la gratitud a los padres o benefactores no tenía nada que ver con la justicia o la virtud.