Mientras cursaba el primer año fue enrolado en la Armada Imperial Japonesa como subteniente de marina siguiendo paralelamente sus estudios universitarios.

Fue enviado al Arsenal de Kure para continuar sus estudios en ingeniería naval militar.

Luego fue asignado a Francia e Italia como agregado naval familiarizándose con la ingeniería naval de ese entonces en los astilleros de esos países.

Hiraga fue considerado un genio matemático y un ingeniero naval muy talentoso; pero muy poco flexible en aceptar propuestas y modificaciones a los proyectos de la Armada, las discusiones se relacionaban con el centro de gravedad elevado de sus diseños, eventualmente en 1929 fue pasado a retiro "honorablemente" de la Armada Imperial Japonesa conservando el rango y convirtiéndose en ingeniero asesor de los astilleros Mitsubishi.

[3]​ Hiraga tuvo que enfrentar acusaciones e investigaciones acerca de sus diseños debido al Incidente Tomozuru y después al Incidente de la Cuarta Flota en que un tifón desbarató a los destructores Clase Fubuki de los cuales salió reivindicado.