En 1496, su hermano el duque Carlos II de Saboya murió sin hijos, siendo el heredero varón de la línea de Saboya, y su tío se convirtió en soberano.

[3]​[4]​[5]​ Debido a la corta edad de la novia, el matrimonio no tuvo hijos.

[6]​ Al año siguiente, el padre de Filiberto murió y él le sucedió como duque de Saboya.

En 1499, murió a los 12 años de edad, sin hijos.

Filiberto se volvió a casar en 1501 con la archiduquesa Margarita de Austria.