Mantuvo desde entonces el contacto con Baeyer, de quien fue amigo y en cuyo honor daría la conferencia conmemorativa tras su muerte en 1917.
Hoy en día el ala del campus principal donde se imparte la carrera de ciencias químicas es conocida como edificio William Perkin.
Frank Lee Pyman, Robert Robinson (quién más tarde ganó un premio Nobel en química), Walter Haworth y Eduard Hope se graduaron con Perkin como profesor.
En 1912, con previsiones de cambio en la política universitaria que iban a reducir la cooperación con la industria y restringir significativamente los ingresos para Perkin, aceptó un puesto en Oxford.
Cuándo empezó cinco universidades tenían laboratorios propios y tuvo que trasladarse al laboratorio de Odling, una replica de la cocina del abad medieval en Glastonbury.
Durante la estancia de Perkin tiempo se construyeron laboratorios nuevos y más grandes (el laboratorio Dyson Perrins), y por primera vez en Inglaterra se hizo obligatorio un periodo de investigación como parte del curso académico en química.
Además del trabajo puramente científico, Perkin mantuvo contacto cercano con la industria química.