Su sede principal está ubicada en la ciudad de Bogotá, así mismo, en Colombia cuenta con sedes en Santa Marta, Barranquilla y en España cuenta con el Centro de Excelencia Internacional Sergio Arboleda - CEISA ubicado en Madrid.
[cita requerida] Está integrada por 8 escuelas, que ofrecen 22 programas de pregrado.
En postgrado, ofrece 30 especializaciones, 18 maestrías y 1 doctorado, para un total de 49 programas en esa modalidad.
Cuenta con 3 virrectorías, y su máximo organismo de gobierno es el Consejo Superior Universitario.
Al año siguiente, respondiendo a su compromiso con la sociedad, la Escuela de Matemáticas lanza el proyecto Semicírculo y con éste el programa de Talentos Matemáticos[8], pionero en Colombia al permitir el ingreso a la aulas de niños y jóvenes que desean desarrollar habilidades en esta ciencia.
El Ministerio de Educación aprueba en el 2005 la primera maestría que ofrece la Universidad: Maestría en Docencia e Investigación Universitaria, además de cinco nuevos programas de pregrado: Contaduría Pública, Publicidad Internacional, Política y Relaciones Internacionales, Ingeniería Electrónica y Música.
En este mismo año se lanza la Maestría en Comercio Internacional, que recibe en septiembre el Premio Nacional de Exportaciones en la categoría Cooperación Exportadora, por su aporte en la formación de la clase ejecutiva del país.
Igualmente La Sergio llega a Barranquilla con cursos de actualización para ejecutivos y empresarios.
La Universidad tiene proyectos y convenios de excelencia académica, discapacidad física o escasos recursos económicos para que puedan acceder a la educación superior.
[cita requerida] En 2013 entró en un convenio con el instituto educativo distrital Rafael Bernal Jiménez.
Otoniel fue extraditado por el gobierno de Iván Duque antes de terminar sus declaraciones ante la JEP, por que no se supo qué pruebas tenía para vincular a la universidad con la organización criminal[32].