[4]​ Fue nombrado Embajador en Francia[5]​ (1996-1997), renunciando para postularse infructuosamente a la Alcaldía de Bogotá.

En 1998, siendo elegido Presidente Andrés Pastrana, fue nombrado como Ministro del Interior (1998-2000); en 1999 ejerció interinamente como Ministro de Justicia nuevamente; durante este periodo se destacó como un controvertido interlocutor del gobierno en el Congreso, llegando a ser presionado a la dimisión ante la amenaza de una moción de censura.

Para el jurista, la no extradición de ‘Santrich‘ “constituye una amenaza para nuestra democracia”.

Sin embargo, en noviembre de 2020 un reportaje del diario El Espectador, el cual terminó en un debate en el Congreso por parte del senador y principal opositor de gobierno, Gustavo Petro, menciona un presunto montaje judicial en el caso de Santrich por parte del entonces fiscal Martínez en presunta complicidad con la DEA estadounidense, con audios falsos que fueron presentados como prueba reina contra Santrich para acusarlo de narcotráfico.

[9]​ Martínez Neira era abogado del Grupo Aval en la época en que tal entidad se asoció con el grupo Odebrecht para llegar a cabo el proyecto Ruta del Sol II en Colombia, en 2018, siendo Néstor Humberto fiscal general de la nación, una vez había estallado el escándalo internacional por corrupción del grupo brasileño, el medio de comunicación Noticias Uno destapó unos audios que le había entregado Jorge Enrique Pizano, quien fuera auditor del proyecto[10]​ en tales audios consta como, desde 2013, Pizano le había comunicado a Martínez Neira su preocupación por las irregularidades que había encontrado en la contratación del proyecto, en uno de los audios Néstor Humberto dice, entre risas, que uno de los contratos "es una coima"[11]​ y en otros apartes textualmente señala que se podría tratar de pagos a Paramilitarismo en Colombia.

[13]​ Adicionalmente, Martínez pidió que sean revelados todos los audios que hay sobre conversaciones suyas con el entonces auditor de la Concesionaria Ruta del Sol II, de tal manera que se pueda conocer el contexto en el cual se dieron.

[15]​ Para adelantar la investigación del caso Odebrech, la Corte Suprema de Justicia nombró un fiscal Ad-Hoc.

El escrito, firmado por Martínez y dirigido al primer mandatario, le solicita rectificar unos trinos en los cuales menciona el papel que cumplió en ese cargo frente a la investigación de Odebrecht.

Según la Fiscalía General de la Nación dirigida por Martínez Neira, el entonces fiscal Anticorrupción Luis Gustavo Moreno, el expresidente de la Corte Suprema Francisco Ricaurte, el exmagistrado Leonidas Bustos, el magistrado Gustavo Malo, el exmagistrado auxiliar Camilo Ruiz y los abogados Luis Ignacio Lyons, Gerardo Torres, más conocido como Yayo, y Leonardo Pinilla, también conocido como "El Porcino"– se encargaron de alterar, desaparecer, desviar o dilatar procesos en la CSJ utilizando información privilegiada de la Corte Suprema, la más alta institución de justicia en Colombia.