Siendo candidato Pastrana había ofrecido a la guerrilla una zona de despeje, en los municipios de La Uribe, Mesetas, La Macarena y Vista Hermosa (Meta), y por San Vicente del Caguán (Caquetá), para llevar a cabo allí los diálogos.

[1]​ Su Plan de Gobierno contemplaba un Proceso de Paz con los sectores del Conflicto Armado Colombiano, Reducción IVA del 16% al 12%, un nuevo Programa Económico por el Empleo, contemplando exenciones tributarias, fomento a las exportaciones, nuevos mercados, emprendimientos, y globalización, también la modernización y actualización del Sistema de Seguridad Social.

El mandatario dio a los guerrilleros hasta las doce de la noche para que abandonar el área.

Paralelamente a la negociación con las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC-EP), el presidente Pastrana selló una renovada alianza militar con el gobierno Clinton de los Estados Unidos en 1999, conocido como el «Plan Colombia», que comprometió recursos de los dos gobiernos para fortalecer las Fuerzas Militares y la justicia en su lucha contra las guerrillas y el narcotráfico.

[3]​ A raíz del fallo emitido por la Corte Internacional de Justicia de La Haya,[4]​ el 19 de diciembre de 2012, que delimitó la frontera en el mar Caribe entre Nicaragua y Colombia, y donde este último perdió una considerable área marítima, se desató una fuerte polémica nacional frente a la responsabilidad política y jurídica que le correspondería a los gobiernos intervinientes,[5]​[6]​ en la que el Gobierno del presidente Juan Manuel Santos señaló que su gobierno no tenía responsabilidad[7]​ y que la misma recaería sobre la reacción del gobierno de Andrés Pastrana Arango ante la demanda instaurada por Nicaragua en el año 2001, pues consideran que dicho gobierno debió retirarse del Pacto de Bogotá como medida cautelar y sin embargo, pese a presuntas recomendaciones recibidas inclusive del que fuera su canciller, habría optado por seguir el proceso adelante,[8]​[9]​ que a la postre terminó desembocando en el fallo adverso.