En esta temporada se dieron ocho cambios de equipos respecto al Clausura 2003.
El Cihuatlán fue vendido a empresarios sinaloenses para ser convertido en Dorados de Sinaloa .
[1] El Atlético Yucatán se trasladó a Playa del Carmen, Quintana Roo convirtiéndose en el Inter Riviera Maya .
Además dos equipos cambiaron de sede manteniendo identidad, Cruz Azul trasladó a su filial Cruz Azul Hidalgo a la ciudad de Oaxaca pasando a denominarse Cruz Azul Oaxaca y Tigrillos jugó este torneo en la Ciudad de México como Tigrillos Coapa.
Tras la fase de reclasificación los equipos clasificados a cuartos de final por el título serán 8; estos se ordenarán según su posición general en la tabla, si alguno más bajo eliminara a uno más alto, los equipos se recorrerán según su lugar obtenido.