Al terminar el Verano 2003 la directiva del Cruz Azul decide cambiar de sede al Cruz Azul Hidalgo y se lo llevan a Oaxaca de Juárez quien adopta el nombre de Cruz Azul Oaxaca, jugó en el Estadio Benito Juárez.

La franquicia duró 3 años en Primera 'A', en el torneo Apertura 2005, este equipo obtuvo su mejor resultado, logrando el subcampeonato el cual perdió contra Puebla, perdiendo el medio boleto a la final de ascenso a Primera División.

Después la directiva regresa la franquicia al estado de Hidalgo al terminar el Clausura 2006 y reaparece el Cruz Azul Hidalgo en el torneo Apertura 2006.

El Estadio Benito Juárez albergaba al Cruz Azul Oaxaca hasta que este se mudó a la Ciudad Cooperativa Cruz Azul, dejándolo sin algún equipo.

Roberto Cáceres Andrés Carevic Rogelio Chávez Adrián Cortés John Jairo Culma Gerardo Blanco Gómez Rubén Darío Gigena Roberto Gutiérrez Iván Moreno Ruiz Omar Israel Jaime José Agustín Morales Luis Alberto Orozco Erick Marín Diego Melillo Julio César Pardini Pedro Reséndiz Omar Rico Matías Urbano Gabino Velasco