Mientras que los demás revolucionarios fueron expulsados de su provincia, a Timoteo Maradona se le permitió seguir residiendo en San Juan.

[1]​ EL estallido de la segunda guerra entre unitarios y federales lo obligó a ceder casi todas sus fuerzas a Quiroga, para las batallas de La Tablada y Oncativo; cuando el general José María Paz derrotó a los federales, Maradona se encontró sin fuerzas militares que oponer al avance de los oficiales unitarios, de modo que bastó que Santiago Albarracín se presentara en la capital para que Maradona le entregara el gobierno.

Pasó los siguientes meses entre la cárcel y los sucesivos escondites en que se asiló.

Por su iniciativa se creó el Liceo Federal, el único colegio secundario de su época en San Juan.

[2]​ Abandonó toda actividad política y reinició sus estudios religiosos, que había profundizado en su juventud.

El incidente fue un paso más en el creciente enfrentamiento entre los partidos en San Juan: el obispo era defendido por los federales, tradicionalmente católicos, y el gobernador por los liberales, que se identificaban relativamente con el anticlericalismo.