En tal carácter colaboró con el general San Martín en la preparación del Ejército de los Andes y dedicó grandes esfuerzos a la restauración del templo a su cargo; en 1824 levantó una segunda torre.

El segundo hizo nombrar gobernador a un comerciante incapaz e intolerante llamado Anacleto Burgoa, al que dejó al mando para retirar su ejército hacia Mendoza, perseguido por Benavídez.

Pero Benavídez estaba en campaña, y ningún oficial federal quería ocupar el gobierno, que le fue ofrecido al obispo Quiroga Sarmiento.

Aunque Benavídez envió al coronel José María Oyuela como su representante en el gobierno, este prefirió dejar que el obispo siguiera como gobernador hasta el regreso del caudillo, a quien entregó el mando el 8 de octubre.

[5]​ Invitó a los jesuitas a su diócesis y los puso al frente de un colegio secundario, aunque posteriormente debió prohibirles permanecer en ella, por presión de Rosas, que los había expulsado algún tiempo antes.