Por un lado, el reino Protista es una clasificación parafilética, donde algunos de sus filos tienen tantas diferencias entre sí como estos con Animalia, Plantae o Fungi.
Por ello, en la actualidad, el sistema de reinos queda restringido a los organismos eucariotas, esto es, animales, plantas, hongos, protozoos y algas.
El segundo tiene adicionalmente "alma sensitiva" que le da además de lo anterior movimiento, percepción y deseo.
Además, introdujo la nomenclatura binomial para referir a las especies y dividió los reinos en clases, las clases en órdenes, los órdenes en familias, las familias en géneros y los géneros en especies (la división de los reinos en filos se introdujo posteriormente).
[16] El concepto del tercer reino fue puesto en duda por Otto Bütschli en los años 1880, pues se consideró a Protista como polifilético, especialmente por la inclusión de las bacterias.
[19] El resultado fue el sistema de los 5 reinos, propuesto en 1969,[9] que se convirtió en un estándar muy popular y que, con algunas modificaciones, aún hoy se utiliza en muchas obras o constituye la base para nuevos sistemas propuestos.
Uno de estos sistemas fue el de G. F. Leedale, que en 1974 propuso 19 reinos: Monera, Rhodophyta, Plantae, Heterokonta, Eustigmatophyta, Haptophyta, Cryptophyta, Dinophyta, Euglenophyta, Chytridiomycota, Fungi, Myxomycota, Zoomastigota (zooflagelados), Sarcodinia, Ciliophora, Sporozoa, Animalia, Porifera y Mesozoa.
[22] Sin embargo, muchos de estos clados han sido reagrupados o superados por el estudio filogenético protista en continua actualización.
En los años 1980 se produjo un gran avance en filogenia procariota gracias al advenimiento del análisis genético.
[1] En 1990, Woese renombró los nuevos grupos por lo que postuló el sistema de tres dominios formado por Bacteria, Archaea y Eucarya.
Archaea y Bacteria están considerados como dominios o superreinos pero su trato también es de reino, pues se subdividen siempre en filos.