Mastigophora

Abundan en las aguas dulces y en las saladas, donde, junto con las diatomeas, constituyen gran parte del alimento de algunos pequeños animales acuáticos.Los flagelados de vida libre pueden muchas veces enquistarse para evitar las condiciones desfavorables.Presentan un núcleo simple ubicado en el centro y se reproducen mediante fisión binaria longitudinal.Puesto que algunos rizópodos también poseen flagelos en ciertas fases de su vida, y ciertos mastigóforos pasan por fases ameboideas estas dos clases se consideraban estrechamente relacionadas, y por ello se clasifican en el subfilo Sarcomastigophora.La clase de los mastigóforos se subdividía en dos subclases: Phytomastigophorea (protozoos de similar apariencia a plantas o fitoflagelados) y Zoomastigophorea (parecidos a animales o zooflagelados).
Ejemplos de protistas flagelados.
Trachelomonas , un flagelado.