Por un lado, el reino Protista es una clasificación parafilética, donde algunos de sus filos tienen tantas diferencias entre sí como estos con Animalia, Plantae o Fungi.Por ello, en la actualidad, el sistema de reinos queda restringido a los organismos eucariotas, esto es, animales, plantas, hongos, protozoos y algas.El segundo tiene adicionalmente "alma sensitiva" que le da además de lo anterior movimiento, percepción y deseo.Además, introdujo la nomenclatura binomial para referir a las especies y dividió los reinos en clases, las clases en órdenes, los órdenes en familias, las familias en géneros y los géneros en especies (la división de los reinos en filos se introdujo posteriormente).[16] El concepto del tercer reino fue puesto en duda por Otto Bütschli en los años 1880, pues se consideró a Protista como polifilético, especialmente por la inclusión de las bacterias.[19] El resultado fue el sistema de los 5 reinos, propuesto en 1969,[9] que se convirtió en un estándar muy popular y que, con algunas modificaciones, aún hoy se utiliza en muchas obras o constituye la base para nuevos sistemas propuestos.Uno de estos sistemas fue el de G. F. Leedale, que en 1974 propuso 19 reinos: Monera, Rhodophyta, Plantae, Heterokonta, Eustigmatophyta, Haptophyta, Cryptophyta, Dinophyta, Euglenophyta, Chytridiomycota, Fungi, Myxomycota, Zoomastigota (zooflagelados), Sarcodinia, Ciliophora, Sporozoa, Animalia, Porifera y Mesozoa.[22] Sin embargo, muchos de estos clados han sido reagrupados o superados por el estudio filogenético protista en continua actualización.En los años 1980 se produjo un gran avance en filogenia procariota gracias al advenimiento del análisis genético.[1] En 1990, Woese renombró los nuevos grupos por lo que postuló el sistema de tres dominios formado por Bacteria, Archaea y Eucarya.Archaea y Bacteria están considerados como dominios o superreinos pero su trato también es de reino, pues se subdividen siempre en filos.
Árbol de los tres reinos de la vida según Haeckel.
Los cinco reinos de la clasificación de Whittaker y Margulis.
Árbol de los seis reinos,
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con sus relaciones filogenéticas aproximadas. Suele considerarse a los eucariontes más cercanos a Archaea que a Bacteria. Animalia y Fungi comparten un clado (
Opisthokonta
).
Árbol simbiogenético de los seis reinos. Actualmente se considera demostrado el origen simbiogenético de los
eucariontes
por fusión entre una arquea y una bacteria (
eucariogénesis
). Posteriormente la simbiogénesis entre un protista y una
cianobacteria
originó las
plantas
.
Árbol filogenético basado en ARN ribosómico mostrando el sistema de tres dominios de Woese. Cada una de las ramas podría llegar a ser clasificada como reino.