Su primer trabajo en televisión fue la serie dramática para adolescentes Press Gang.
Para su primera comedia de situación, Joking Apart, se inspiró en la ruptura de su primer matrimonio; por el contrario, para su comedia Coupling se basó en su relación con la productora televisiva Sue Vertue.
Entre los dos programas, escribió los libretos de Chalk, una comedia ambientada en una escuela e inspirada en sus propias experiencias como profesor de lengua inglesa.
Moffat, un fanático de Doctor Who, ha escrito varios episodios para la serie moderna y fue el sucesor de Russell T Davies como guionista principal y productor ejecutivo cuando comenzó la producción de la quinta temporada, en 2009.
Muchos de los programas en los que trabajó han ganado premios, incluyendo BAFTAs y premios Hugo por algunos de sus episodios de Doctor Who y Sherlock.