Sin embargo, fue principalmente un prolífico compositor de himnos para varias instituciones y marchas militares que son muy populares en su país como "Patria, tierra sagrada".

Ese mismo año el presidente Eloy Alfaro lo nombró profesor de piano intermedio del Conservatorio Nacional de Música y once años más tarde sería nombrado director del mismo.

Estas tres ramas serán las prevalentes en la composición musical en Ecuador en lo que resta del siglo con exponentes tan destacados como Luis H. Salgado y Gerardo Guevara.

En paralelo continuó con su carrera como abogado llegando a ser socio activo de la Sociedad Jurídico Literaria, en 1902.

Años más tarde en 1920 se estrenaría en el Teatro Sucre su drama histórico titulado Atahualpa, con un guion escrito por Guillermo Dávila y la música por Sixto María Durán.

Tres años más tarde sería nombrado nuevamente Director del Conservatorio Nacional de Música donde trabajaría hasta 1933.

En su honor en 1924 se crearía el Centro Musical Sixto María Durán en su ciudad natal, Ambato.

Esto debido a la importante presencia de himnos, marchas, salves y pasillos en su música, géneros que más bien caracterizaron el siglo XIX antes que las composiciones Salgado o Guevara que se vieron muy influenciadas por los estudios musicológicos de Pedro Pablo Traversari y Segundo L. Moreno, de quienes Durán era contemporáneo.

Si bien el interés por la música nativa existe en su obra, como se conocía a los ritmos aborígenes como el yumbo, yaraví, o danzante, esto está lejos de tener el protagonismo que experimentaría en las creaciones de los compositores típicamente nacionalistas del siglo XX.

Por esta razón su figura se convierte en una de transición marcando el fin del estilo de música clásica decimonónica para dar paso a las nuevas composiciones nacionalistas del siglo XX que estaban siendo encabezadas teórica y arqueológicamente por Traversari y Moreno en primera instancia para su posterior desarrollo por Salgado.