El campeón del torneo Apertura 2012, Murciélagos FC, jugó contra el campeón del torneo Clausura 2013, Ballenas Galeana, para así poder determinar quien ascendería a la Liga de Ascenso.El campeón de ascenso fue Ballenas Galeana, con el apoyo del Gobierno del Estado de Morelos, pudo reunir los requerimientos para jugar en el Ascenso MX para el Apertura 2013.El equipo campeón fueron los Murciélagos FC al ganar 2-3 en el marcador global.El equipo campeón fueron los Académicos de Atlas al ganar 1-3 en el marcador global.El campeón del torneo Apertura 2012, Murciélagos FC, jugó contra el campeón del torneo Clausura 2013, Ballenas Galeana, para así poder determinar quien ascenderá a la Liga de Ascenso.
