Sin embargo, el "ascenso" administrativo del equipo a Primera 'A' sin que hubiera jugado en la Segunda División, hizo que la escuadra mantuviera un funcionamiento regular pero por debajo del resto de los participantes, rendimiento que los posicionó en los lugares 17, 18 y 15 de los torneos siguientes; logrando su mejor resultado en el Torneo Verano 1999 , en el cual lograron calificarse a los octavos de final, donde empataron en el marcador global a 3-3 ante Cruz Azul Hidalgo pero fueron eliminados por el criterio de desempate, que hacía avanzar a la siguiente ronda al Club que hubiera quedado mejor ubicado en la Tabla General de Clasificación.

Por ello, el Torneo Apertura 2003 es el último torneo en el cual el equipo de Cuautitlán mantiene el mote de "Truenos"; logrando llegar a la final que pierde ante un viejo conocido suyo: Lobos BUAP.

Como parte de su reestructuración, la directiva decide buscar talento nuevo y a mediados del año 2004 se toma la decisión de formar un segundo equipo, en donde se foguearían sus fuerzas básicas y se inscribe a este segundo equipo con el mote de "Pelícanos" en el sector amateur del fútbol mexicano; donde los "Pelícanos de Cuautitlán" destacaron a sobremanera, logrando diversos títulos en el sector aficionado del fútbol nacional, jugando regularmente en el Estadio Municipal de Cuautitlán Izcalli, conocido como "estadio Hugo Sánchez Márquez".

Posteriormente a la separación del Club Necaxa, el rendimiento regular del primer equipo es descendente, por lo que habiendo pasado sus mejores momentos, el equipo que hubiera contado entre sus filas a grandes jugadores como Alexandro "Monstruo" Álvarez, Carlos Ochoa, Alfredo “El Chango” Moreno, Christian Martínez, Luis Ernesto Pérez, Ángel "Rambo" Sosa, Armando "Loco" Ávila, Alexandro Álvarez, Eduardo “Toro” Ávila, Diego Martínez o Carlos López, viviría su momento más álgido y al final del Torneo Clausura 2010 se vio condenado a descender a la Tercera división mexicana y regresar al punto desde el que inició su trayectoria.

No obstante, después de diversas re estructuraciones administrativas, la institución aprovecha que en el año 2006, el Club de Fútbol Pachuca se había interesado en afiliar al segundo equipo y trasladarlo a la [ Tercera División mexicana donde jugó por primera vez en el Torneo Clausura 2006; por lo que al descender el Primer Equipo a la misma División, se toma la decisión de fusionar ambas escuadras y presentar un solo equipo para la temporada 2011-2012.