Al término del torneo sí hubo descenso a la Liga de Nuevos Talentos.

El campeón de este torneo se enfrentaría al Tlaxcala Fútbol Club campeón del Torneo Apertura 2016, en la final por el ascenso, sin embargo el equipo de Tlaxcala se coronó en este torneo también, por lo que ascendió directamente al ser el bicampeón de la segunda división.

Si al finalizar las 15 jornadas del torneo, dos o más clubes estuviesen empatados en puntos, su posición en la Tabla general será determinada atendiendo a los siguientes criterios de desempate: Para determinar los lugares que ocuparán los clubes que participen en la fase final del torneo se tomará como base la Tabla General.

Los ocho clubes calificados para cada liguilla del torneo serán reubicados de acuerdo con el lugar que ocupen en la Tabla General de Cocientes al término de la jornada 15, con el puesto del número uno al club mejor clasificado, y así hasta el #8.

De persistir el empate en estos periodos, se procederá a lanzar tiros penales hasta que resulte un vencedor.