Radicado en Paraná desde 1857, residió alternativamente en esa ciudad, en Corrientes, Rosario y Montevideo, antes de regresar a Buenos Aires.

Ocupando este último cargo, defendió la federalización de Buenos Aires en un memorable discurso, enfrentándose a Leandro N. Alem.

Hacia 1840 los Pueyrredón, sintiéndose amenazados por la Mazorca, el brazo armado del rosismo, debieron buscar refugio en Montevideo y José fue dejado al cuidado de su abuelo paterno, José Gregorio Hernández Plata, que poseía una quinta en Barracas, sobre el Riachuelo.

Estudió en el Liceo Argentino de San Telmo, dirigido por Pedro Sánchez, entre los años 1841 y 1845.

[11]​ Debió abandonar las filas del ejército por razones políticas en 1858, y se mudó a la provincia de Entre Ríos para dedicarse al periodismo.

Si bien en tres ocasiones manifestó su lealtad a Urquiza, es probable también que su relación estuviera marcada por los recelos.

En un memorándum Hernández le sugirió crear una república independiente conformada por Corrientes, Entre Ríos y en algún momento Santa Fe, buscando apoyo de Brasil para lograrlo.

[16]​ Finalmente fueron derrotados en 1871; López Jordán y Hernández se exiliaron en Santana do Livramento, Brasil.

Se alineó en el Partido Federal Reformista, dirigido por Nicolás Calvo, que apoyaba la incorporación de Buenos Aires a la Confederación.

[19]​ Hernández se vinculó al periódico de ese partido, La Reforma Pacífica, editado por Juan José Soto; el hijo de este, Héctor Soto, años más tarde codirigiría con Hernández un periódico en el Uruguay.

Su redacción funcionaba en Defensa 73, siendo trasladada posteriormente a Representantes 71, al tiempo que cambiaba su formato y reducía el número de páginas.

[27]​ En una revisión realizada en los archivos del diario El Litoral por la investigadora María Celina Ortale, se descubrieron varias columnas firmadas por Hernández.

En otras columnas de días posteriores se refirió a la situación en Corrientes, donde imperaba un desorden social y político.

(Tulio Halperin Donghi, José Hernández y sus mundos, Sudamericana, 1985, páginas 41, 42 y 64) En las páginas de ese diario, que circulaba bimensualmente, debió contraargumentar las columnas que el diario opositor La Esperanza le dedicaba por su condición de funcionario público.

Se trasladó a Rosario, donde Ovidio Lagos le ofreció colaborar con el diario La Capital.

Su fundador, Ovidio Lagos, había publicado artículos en La Reforma Pacífica y también —como Hernández— militaba en el federalismo.

Las colaboraciones fueron diarias hasta el 21 de julio, cuando Hernández se trasladó a Buenos Aires.

[42]​ Esa, además, fue una época próspera para el periodismo argentino, en que nacieron los actuales diarios La Nación y La Prensa.

[43]​ El tono del diario fue equilibrado y evitaba los ataques personales, recurso que por entonces era habitual en la prensa.

Este periódico, más que criticar los problemas diarios, trató de afrontar los fundamentales y no resueltos del nacionalismo.

[47]​ Luego de su estancia en Brasil Hernández se mudó a Montevideo, Uruguay, donde según algunas fuentes habría colaborado con La Patria.

Más tarde, amparado por una amnistía promovida por Sarmiento, regresó a Buenos Aires para escribir su famoso libro Martín Fierro.

El artista francés Carlos Clérice fue su dibujante; contenía ocho páginas en prosa y una en verso, que incluía una sátira a Juan María Gutiérrez, por haber rechazado un diploma de la Real Academia Española.

Se supone que Hernández firmó como "El payador Pepe José" los días 18 y 30 de septiembre.

Esta primicia permite suponer que uno de los "Tres gauchos baqueanos" habría sido José Hernández.

[62]​ También se afilió a la logia masónica Obediencia de la Ley n.º 13, en la que participó hasta su fallecimiento.

Ese mismo año, al producirse la federalización de Buenos Aires como capital del país, defendió el proyecto en el senado provincial, en un histórico debate en que enfrentó a Leandro N. Alem, que hubiera preferido trasladar la capital a otra ciudad.

En el gaucho, Hernández descubrió la encarnación del coraje y la integridad inherentes a una vida independiente.

[72]​ Lo que el autor no había conseguido con su actividad política lo obtuvo por medio de la literatura.

[77]​ Su obra más representativa, Martín Fierro, también ha recibido numerosos homenajes en calles, avenidas, escuelas y plazas públicas en todo el país.