Secuencia no codificante conservada

Es probable que todas las secuencias no codificantes conservadas realicen alguna función para tener restricciones en su evolución, pero se pueden distinguir en función de en qué parte del genoma se encuentran y cómo llegaron allí.[7]​ Hay tres clases principales de elementos transponibles, que se distinguen por los mecanismos por los cuales proliferan.Al extirparse inmediatamente después de la replicación del ADN y la inserción en sitios objetivo que aún no se han replicado, puede aumentar el número de transposones en el genoma.[6]​ Los retrotransposones usan transcriptasa inversa para generar un ADNc a partir de la transcripción TE.Estos se dividen además en retrotransposones de repetición terminal larga (LTR por sus siglas en inglés), elementos nucleares intercalados largos (LINE por sus siglas en inglés) y elementos nucleares intercalados cortos (SINE).Estos elementos están flanqueados por largas repeticiones terminales (300–500 pb) que median el proceso de transposición.[6]​ Cuando los elementos transponibles reguladores conservados están activos en un genoma, pueden introducir nuevas regiones promotoras, alterar los sitios reguladores existentes o, si se insertan en las regiones transcritas, alterar los patrones de empalme.Un elemento transpuesto particular se seleccionará positivamente si la expresión alterada que produce confiere una ventaja adaptativa.[9]​ La explicación más simple para esto es que estas regiones no codificantes pueden cumplir alguna función biológica, y este ha sido el caso de varios pseudogenes conservados.[10]​ Los hallazgos de pseudogenes potencialmente funcionales crean dificultades para definirlos, ya que el término originalmente estaba destinado a secuencias degeneradas sin función biológica.La conservación de regiones no codificantes funcionales y no funcionales proporciona una herramienta importante para la genómica comparativa, aunque la conservación de elementos reguladores cis ha demostrado ser particularmente útil.De acuerdo con esta teoría, los elementos reguladores cis se encuentran comúnmente en regiones conservadas sin codificación.[19]​ Se cree que las funciones reguladoras comúnmente asociadas con regiones conservadas no codificantes desempeñan un papel en la evolución de la complejidad eucariota.En promedio, las plantas contienen menos secuencias no codificantes conservadas por gen que los mamíferos.[21]​ Debido a que se cree que los cambios en la regulación génica explican la mayoría de las diferencias entre humanos y chimpancés, los investigadores han recurrido al CNS para tratar de mostrar esto.