Retrotransposón
[1] En el trigo, aproximadamente el 90% del genoma consiste en secuencias repetidas y el 68% de elementos transponibles.
Todos los retrotransposones LTR funcionales codifican un mínimo de dos genes, gag y pol, que son suficientes para su replicación.
Las proteínas gag forman partículas similares a virus en el citoplasma o núcleo dentro de las cuales se produce la transcripción inversa.
El gen Pol produce tres proteínas: una proteasa (PR), una transcriptasa inversa dotada de dominios RT, una ARNasa H, y una integrasa (IN).
Los ARNt específicos del huésped se unen al PBS y actúan como cebadores para la transcripción inversa, que ocurre en un proceso complejo y de varios pasos, que finalmente produce una molécula de ADN bicatenario.
Los retrotransposones Ty1-copia o Pseudoviridae codifican cuatro dominios proteicos en el siguiente orden: proteasa, integrasa, transcriptasa inversa y ribonucleasa H. Existen al menos dos sistemas de clasificación para la subdivisión de los retrotransposones Ty1-copia en cinco linajes: Sirevirus/Maximus, Oryco/Ivana, Retrofit/Ale, TORK (subdivididos en Angela/Sto, TAR/Fourf, GMR/ Tork) y Bianca.
Los retrotransposones Ty3-copia o Metaviridae codifican al menos cuatro dominios proteicos en el orden: proteasa, transcriptasa inversa, ribonucleasa H e integrasa.
Descritos por primera vez como elementos Athila en Arabidopsis thaliana, han sido identificados posteriormente en muchas especies, como Glycine max y Beta vulgaris.
Se cree que el cromodominio dirige la integración del retrotransposón a sitios de destino específicos.
Un retrovirus endógeno es una porción de un retrovirus sin efectos patógenos que se ha integrado en el genoma del huésped mediante la inserción de su información genética heredable en las células que pueden transmitirse a la próxima generación como un retrotransposón.
Muchos retrotransposones comparten características con los retrovirus endógenos, la propiedad de reconocer y fusionarse con el genoma del huésped.
Sin embargo, existe una diferencia clave entre los retrovirus y los retrotransposones, que está indicado por el gen env.
Muchos genes vertebrados se formaron a partir de retrovirus y retrotransposones LTR.
Un retrovirus endógeno o retrotransposón LTR tiene la misma función y ubicaciones genómicas en diferentes especies, lo que sugiere su papel en la evolución.
Al igual que los retrotransposones LTR, los retrotransposones no LTR contienen genes para la transcriptasa inversa, la proteína de unión a ARN, la nucleasa y a veces, el dominio ribonucleasa H, pero carecen de repeticiones terminales largas.
Esos dos componentes clave del retrotransposón aún son necesarios, pero la forma en que se incorporan a las reacciones químicas es diferente.
Los LINE se insertan en regiones del genoma eucariota que son ricas en bases AT.
En las regiones AT, LINE utiliza su nucleasa para cortar una cadena del ADN eucariota bicatenario.
La transcriptasa inversa reconoce estos grupos hidroxilo para sintetizar el retrotransposón LINE donde se corta el ADN.
Los SINE no codifican la transcriptasa inversa y dependen de otros transposones móviles, especialmente los LINE.
Esto asegura que las copias de LINE se transcriban en ARN para una mayor transposición.
Los elementos SVA están presentes en niveles más bajos que SINES y LINEs en humanos.
Los retrotransposones de repetición terminal no larga (LTR) como los elementos LINE1 humanos a veces se denominan falsamente como retroposones.
El pre-ARNm de c-src retroposado todavía contenía un solo intrón y dentro del RSV ahora se conoce como el gen V-SRC.
Los retrozimas presentes en plantas y animales son retrotransposones no LTR que no son autónomos y, por lo tanto, toman prestadas proteínas de otros transposones para moverse a nuevas regiones de un genoma.
Debido a su mecanismo de retrotransposición, los retrotransposones se amplifican en número rápidamente, componiendo el 40% del genoma humano.
