Terminada la sanción Pérez volvió a la titular en el partido contra el Real Cartagena, partido que terminó suspendido por falta de garantías, jugó el partido contra el Deportivo Pereira que ganó el Nacional 2-0, en los siguientes partidos el técnico Santiago Escobar optó por dejarlo en el banco hasta que lo metió en la semifinal contra el Deportes Tolima jugando los 90 minutos, jugó la final del Torneo Apertura 2011 ganándole en la serie de penaltis a La Equidad convirtiéndose en el jugador más joven en ganar el torneo profesional colombiano con 18 años.
En el segundo semestre jugó los 90 minutos de la primera jornada, ganándose la confianza de Sachi, nuevamente jugó los 90 minutos de la jornada contra La Equidad, partido que perdió el equipo verdolaga con gol de Dahwling Leudo al minuto 70, jugó el gran clásico del Fútbol Colombiano de titular ante el América de Cali, partido que ganó 2-4 en la ciudad de Cali, ya con la confianza ganada del técnico, Sachi, decidió ponerlo de titular en los siguientes 6 partidos, hasta la jornada 11 en la que fue dejado en el banco ante el Boyacá Chicó, partido en el que entró al minuto 75, en el siguiente partido fue puesto en la titular en el clásico de verdes ante el Deportivo Cali, partido en el que recibió su segunda tarjeta roja en el minuto 82, terminada la sanción, Sebastián fue puesto en la titular en el partido contra el Real Cartagena, nuevamente entró en la titular en el siguiente partido correspondiente a la jornada 15 ante el Deportes Tolima, partido en el que fue amonestado al minuto 68, jugó la jornada 17 con la presión de la hinchada al no estar clasificando a los cuadrangulares, partido que empataron 2-2 ante el Deportivo Pereira, jugó los 90 minutos de la última jornada del todos contra todos, partido que perdieron 1-0 ante Águilas Doradas quedando eliminado de la competencia.
El año 2012 no fue un buen año para Sebastián Pérez, en el primer semestre participó solo en 7 partidos y si esta cantidad es baja, el segundo trimestre fue peor dado que solo apareció en 3 encuentros,[2] este año para su club en Liga no fue malo, en el Torneo Apertura quedaron en la posición 12 y en el Torneo Finalización estuvieron cerca de llegar a la final.
Anotó su primer gol como profesional en el empate 1-1 ante Jaguares en la ciudad de Montería, días más tarde anotó su segundo gol en el clásico ante el DIM, ambos partidos correspondientes a la Copa Colombia 2013 torneo del quedaría campeón, ganando la final frente a Millonarios.
Inició el 2015 ingresando al minuto 67 en el partido contra Santa Fe correspondiente a la Superliga de Colombia 2015, jugó la primera jornada de la liga Águila 2015-I ingresando en el minuto 75 ante Águilas Doradas de Pereira, igualmente en la segunda jornada en el clásico ante el Independiente Medellín, Ingresó al minuto 56 en el partido ante Envigado F. C. correspondiente a la jornada 4, jugó la jornada 6 ingresando en el minuto 70 en el Atanasio Girardot ante Patriotas, cansado de estar en la banca, el técnico Juan Carlos Osorio decidió meterlo en la titular en el partido ante el Once Caldas, jugando los 90 minutos, días más tarde fue convocado al clásico de verdes ante el Deportivo Cali, partido en que fue titular y jugó los 90 minutos, el 3 de mayo jugó su último partido en la era Osorio, en el clásico ante Millonarios en el Campín, partido en el que Sebastián fue titular y jugó los 90 minutos, teniendo un excelente rendimiento.
Actualmente es uno de los futbolistas más ganadores en Atlético Nacional con diez conquistas.
Posteriormente la Conmebol concede el triunfo a Defensor Sporting 3-0, al constatar que Sebastián Pérez había jugado sin estar habilitado.
[10] El 2 de noviembre debutó en el duelo frente al S. L. Benfica, desde aquel día hasta mayo jugó 17 partidos de 28 posibles en la Primeira Liga, siendo titular en nueve ocasiones y marcando 2 goles.