Durante su participación en esa edición de la Copa Mundial rompió el récord del camerunés Roger Milla, quien hasta entonces era el jugador de mayor edad que había participado en una Copa del Mundo.Ese récord se mantuvo hasta el Mundial del 2018 cuando fue superado por el arquero egipcio Essam El-Hadary con cuarenta y cinco años de edad.En esa temporada, Mondragón también sería convocado por primera vez a la selección Colombia por sus buenas actuaciones para disputar las eliminatorias al Mundial de 1994.Tras su exitoso paso por Independiente, es fichado por el Real Zaragoza, donde duraría una temporada, jugando solamente trece partidos.Después de su corta trayectoria en el Real Zaragoza, regresa en 1999 a Independiente para jugar su segundo ciclo en la institución.Mondragón jugaría 16 partidos con Independiente en el Clausura, realizando una gran temporada y quedando subcampeón, solo por detrás de River Plate.Con sus paradas, Faryd sería la figura del equipo y ayudaría a que no descendiera en la temporada 2001/2002.En la temporada siguiente, Mondragón fue acusado de usar un pasaporte griego falso y fue sancionado a pagar 40 000 dólares como multa, el colombiano apelaría a la sanción, y meses después saldría absuelto demostrando que era inocente.El seleccionador José Pekerman permitió que Faryd jugara los últimos minutos del partido ante Japón, para que pudiera obtener el récord como el jugador de más edad en jugar un Mundial, con cuarenta y tres años y tres días.Pero, en el Mundial 2018, fue superado por el arquero egipcio Essam El-Hadary con 45 años y 161 días en el partido de la tercera fecha del grupo A, Egipto vs.Mondragón culminaría su carrera habiendo anotado 1 gol y jugado 787 partidos tras 24 años de actividad.Esto causó una indignación total en las jugadoras las cuales le han contestado con fuertes y contundentes críticas.La noticia nuevamente causó una gran indignación entre la sociedad colombiana, a lo cual Mondragón no se ha referido al tema.
Mondragón en su segunda etapa en el Deportivo Cali