Jugó la mayor parte de su carrera en el Al-Ahly, donde permaneció durante 11 temporadas y media, desde 1996 hasta 2008.

Essam El-Hadary empezó su carrera futbolística en las categorías inferiores del Damietta Club.

En la temporada 1994-95 consigue el ascenso a la Liga Premier de Egipto.

Empezó una gran etapa en su carrera, ganando multitud de títulos.

A mediados del 2009 regresa a su país, donde firma contrato con el Ismaily Sporting Club, equipo que tuvo que realizar un desembolso económico de 480000 euros para poder hacerse con sus servicios.

Sin embargo, luego de ocurrida la Tragedia de Puerto Saíd, se suspende la temporada y regresa a Sudán para formar parte nuevamente del Al-Merreikh Omdurmán.