Las Divisiones menores de Atlético Nacional están conformadas por la Primera A Sub-20, Primera C, Juvenil, Sub-17, Sub-16, Sub-15, Sub-13, Sub-9, Sub-6 Pony y Pre-Pony.
[9] Son los encargados de suplir de jugadores al primer equipo, generalmente cuando se disputan torneos internacionales a la par con los locales.
La institución cuenta con varias instituciones en todo el país y dos en el exterior, en Antioquia está presente en los municipios de Segovia, Apartadó, Yarumal, Medellín, Rionegro, Vegachí y San Roque, y en los departamentos de Arauca, Bolívar, Caquetá, Casanare, Meta, Risaralda, San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Sucre, Valle del Cauca y en la capital, Bogotá.
Fuera del país cuenta con escuelas en Miami y Orlando (Florida, Estados Unidos).
[10][11] Por otro lado, están los equipos pre-juveniles y juveniles que participan a nivel departamental y regional de varios torneos organizados por la Liga Antioqueña de Fútbol, y en torneos de carácter nacional como lo son el Campeonato Juvenil y Prejuvenil.