Al equipo profesional del Atlético Nacional, Nixon lo dirigió con jugadores sub-20 en la semifinal del Torneo Finalización 2016 frente al Independiente Santa Fe, dado que el entrenador en propiedad (Reinaldo Rueda) se fue a dirigir con todos los jugadores titulares en el Mundial de Clubes.
Después, le tocó enfrentar la liga en el Torneo de Promoción y Reserva donde los victorianos.
En la fase regular, quedaron sexto puesto y clasificaron a los play-off.
Sin embargo, ahí quedaron cuarto puesto de la liguilla B sin poder acceder a las semifinales y finalizando en el octavo lugar del campeonato.
[2]Dirigió solo dos partidos, el primero empatando 1-1 ante la Universidad César Vallejo de visita y el último ganando 1-0 ante UTC como locales.