Esta especie fue descrita originalmente en el año 2020 por los ictiólogos Juliano Ferrer y Luiz Roberto Malabarba.
[1] Etimológicamente, el término genérico Scleronema se construye con dos palabras del idioma griego, en donde: skleros significa 'duro' y nema es 'filamento'.
[2] El epíteto específico macanuda es un adjetivo regional empleado para describir a una gran persona, haciendo así alusión al tamaño de esta especie, la más grande entre los integrantes del género Scleronema.
Scleronema macanuda guarda una gran semejanza con S. operculatum, pero difiere de esta en el patrón cromático en el lateral del cuerpo, el cual presenta una serie media lateral de 6 a 9 manchas redondeadas de color negro, las que son más grandes que el opérculo (en S. operculatum son entre 10 y 14 manchas, más pequeñas o equivalentes en tamaño al opérculo); también difiere en que la punta de la barbilla maxilar se extiende entre los márgenes anterior y posterior del interopérculo (en S. operculatum nunca supera el margen anterior del interopérculo).
[3] Ecorregionalmente, Scleronema macanuda habita en las ecorregiones de agua dulce Uruguay inferior y laguna dos Patos.