FishBase es una enciclopedia en línea y base de datos con información sobre peces.
El año siguiente, Daniel comenzó a trabajar junto con Rainer Froese, quien había estado trabajando en un sistema experto para identificar larvas de peces.
En 1993 el proyecto cambió a Microsoft Access, y en 1995 se produjo el primer CD-ROM llamado "FishBase 100".
Los comentarios en las revistas científicas si bien alabaron el alcance y la idea, destacaron que había numerosos huecos en la información provista.
FishBase estuvo disponible por primera vez en la Web en agosto de 1996, al año siguiente se contrató un webmaster.