[3] Así pues, el nombre de «San Juan» es en honor a San Juan el Bautista, mientras que con respecto al topónimo «ermita» hay dos hipótesis: El municipio de San Juan Ermita es el segundo municipio más pequeño que tiene le departamento de Chiquimula.
Aunque se trata de entidades autónomas, se encuentran sujetos a la legislación nacional y las principales leyes que los rigen desde 1985 son: El gobierno de los municipios está a cargo de un Concejo Municipal[7] mientras que el código municipal —ley ordinaria que contiene disposiciones que se aplican a todos los municipios— establece que «el concejo municipal es el órgano colegiado superior de deliberación y de decisión de los asuntos municipales […] y tiene su sede en la circunscripción de la cabecera municipal»; el artículo 33 del mencionado código establece que «[le] corresponde con exclusividad al concejo municipal el ejercicio del gobierno del municipio».
[8] El concejo municipal se integra con el alcalde, los síndicos y concejales, electos directamente por sufragio universal y secreto para un período de cuatro años, pudiendo ser reelectos.
Los alcaldes que ha habido en el municipio son: Los primeros pobladores que habitaron en el área fueron personas de la raza chortí; la región fue invadida por los españoles e indígenas tlaxcaltecas y cholultecas a principios del siglo xvi, dando inicio a la época colonial.
Este proceso se dio en una forma lenta y tímida, dada la hostilidad de los indígenas; hasta finales del xvii Quezaltepeque fue cabecera de curato para el clero secular, y bajo su jurisdicción estaban las parroquias de Santiago Esquipulas, San Jacinto, Los Valles de la Concepción, La Ermita, Languiatuya, San Antonio Las Cañas, Los Limones y algunas otras; aunque posteriormente los curas decidieron trasladar su residencia a Esquipulas.