Más tarde sucedió a su tío como obispo y patriarca de la sede alejandrina (412).
Los mesalianos defendían la creencia que la salvación solo se puede ganar gracias a la continua oración.
El Patriarca hizo comparecer ante sí a los principales líderes judíos, lo cual suscitó una revuelta nocturna de protesta ante tales actos.
[2] En 415 o 416 una turba de cristianos asesinó a la célebre filósofa Hipatia, maestra del prefecto Orestes.
El autor más cercano a los hechos, Sócrates Escolástico, indica que la muerte fue causa de oprobio para Cirilo y la iglesia de Alejandría, lo que sugiere una implicación del patriarca y su entorno en los hechos.
[3] La acusación aparece formulada con más claridad en la obra de Damascio, filósofo pagano del siglo VI que sufrió la persecución del emperador Justiniano I, y cuyo testimonio sobre Hipatia aparece recogido en la enciclopedia bizantina Suda.
[5] El propio Cirilo reprochó a los alejandrinos su carácter levantisco y pendenciero en su homilía pascual del año 419.
La segunda carta de Cirilo a Nestorio fue aprobada por todos los obispos, aunque sus 12 anatemas no fueron incluidas en la sentencia.
[9] Exégesis escriturística: Polémicas: Cirilo prestó al pío emperador cristiano Teodosio II (AD 408-450) un gran servicio dedicando a él su tabla pascual.