La Biblia cuenta que el pueblo original marchó al exilio (en realidad solo la élite intelectual) y fue reemplazado por gente foránea a quien se le dio cierta instrucción religiosa similar a la judía.
Al sustraerse del pueblo a los depositarios del saber más ortodoxo, este generó liderazgos con una tradición judaica, pero distinguida de la ortodoxia reemplazada, lo que fue explicado por las élites desarraigadas como una mezcla ilegítima.
Entre el siglo IV a. C. al VIII d. C. la lengua samaritana fue una rama occidental del idioma arameo, usada comúnmente para hablar y escribir, produciéndose entonces la traducción del Targum samaritano.
Su ciudad sagrada es Nablus, antiguamente llamada Siquem o Sicar, donde según el Génesis, Jacob erigió un altar a Dios y fue entregada por él (Génesis 48:22) como herencia a su hijo predilecto, José y allí fue sepultado este (Josué 24:32).
Usan un código llamado Hillukh que trata de aplicar la Torá a la vida social.
En 1954, el segundo presidente israelí, Yitzhak Ben-Zvi, creó la comunidad samaritana en Jolón.
Los samaritanos generalmente no quieren tomar parte en el conflicto entre palestinos e israelíes.
Solo en tiempos recientes han aceptado que los hombres de la comunidad se casen con mujeres no samaritanas (judías).