En 2005-2006, sin embargo, el arqueólogo sirio Yousef al-Dabte excavó un centro monástico en la ribera oriental del Éufrates, cruzando desde Yarábulus (antigua Europos), que también identificó con Qenneshre.
Esta segunda casa fundada por Juan pudo haber estado originalmente también bajo la advocación de Santo Tomás.
No está claro si es el "monasterio de Beth Aphtonia" mencionado en algunas fuentes siríacas.
En su apogeo, que duró hasta el siglo IX, Qenneshre llegó a tener alrededor de 370 monjes residentes.
[2] No está del todo claro cuándo se abandonó el monasterio, pero las evidencias arqueológicas sugieren que todavía estaba habitado en el siglo XIII.
[6][7] Los monjes de Qenneshre y sus discípulos tradujeron del griego al siríaco obras tanto seculares como religiosas.
El historiador del siglo XIII Bar Hebraeus específicamente señala que estos patriarcas aprendieron griego en Qenneshre.