En la guerra civil española y con la dictadura de Francisco Franco se utilizó como cárcel para presos políticos.Analizando brevemente los materiales, se observa que el porcentaje mayor (53 por 100) recae sobre las maderas, seguidas a bastante distancia por la piedra (20 por 100) y la cal (19 por 100).En 1911 se produjo el motín en la fragata Numancia en aguas de Tánger, los marineros declarados culpables fueron encarcelados en el presidio.[5] Durante la guerra se produce un enfrentamiento en el arsenal de La Carraca entre los cañoneros Lauría y Cánovas del Castillo fieles a la república y rebeldes al gobierno.El proceso de rehabilitación y reforma finalizó a principios del año 2021.