En 1811, la Junta se disolvió y sus funciones serían asignadas al Primer Congreso Nacional de Chile.
Para calmar las aprehensiones de los religiosos, Toro Zambrano debió redactar una carta desmintiendo tales afirmaciones.
Su espíritu estaba bastante alicaído desde hacía un mes debido a la muerte de Nicolasa Valdés, su mujer.
La Junta dispuso que su funeral se efectuase en el templo de La Merced y la ceremonia fue muy concurrida.
Para continuar con la separación de poderes, durante los años que siguieron se establecieron otros organismos dirigentes del poder ejecutivo.