En febrero de 1781 informa al virrey que la ciudad se prepara para ser atacada en cualquier momento y que se retiraban los fondos necesarios de las cajas reales para conseguir armamento.

Una vez derrotada la rebelión indígena en noviembre de 1781, Márquez de la Plata criticó mucho el juicio contra Túpac Katari que no guardaba las formalidades jurídicas, esto quizás por la enemistad que ya existía contra el juez que llevaba el proceso Francisco Tadeo Díez de Medina.

En 1806 consiguió un puesto en el Consejo de Indias pero no logró jurar su cargo por la invasión inglesa a Buenos Aires.

Mientras vivía con su esposa en Lima (Perú), nació su hijo Fernando Márquez Encalada (1792-1863), quien siguió la causa independentista y fue militar y político.

Tras el desastre de Rancagua debió partir al exilio.