Durante las Leyes de Reforma a mediados del siglo XIX, el culto en la capilla se vio reducido notablemente.
A mediados del siglo XX, durante la Guerra Cristera, los frailes franciscanos entregaron los documentos a una mujer que asumió el cargo de dueña y propietaria del inmueble desde 1936, hasta 1945 la capilla permaneció cerrada, los datos de la mujer encargada son escasos, pero se preserva en los archivos parroquiales y provinciales.
En 1934, en época de la susodicha guerra, el inmueble fue nombrado patrimonio histórico-cultural por su pasado relacionado al virreinato.
En 2011, la capilla tuvo una nueva decoración, según la petición del capellán entrante.
El altar está hecho de piedra volcánica, es un altar transferible (que se puede mover), contiene cuatro cruces marcadas, así como un ara, con la reliquia de Santa Catalina a venerar en esta capilla.
Junto a la sacristía, existe un zaguán, con un pasillo, que conduce al pie de la torre, y contiene diversos cuartos que sirven como bodega, y la oficina del padre capellán, en ese zaguán, esta la única entrada para los sacerdotes o los sacristanes.
Antiguamente existía una torre edificada en el siglo XVII, en el mismo lugar, la cual se derrumbó en el Terremoto de México de 1985, posteriormente se añadió la torre actual, que contaba únicamente con una sola campana, la actual mayor.
La nave horizontal o de entrada, es la que da la bienvenida a los fieles, pues ahí están las 3 puertas.
Se realiza el día domingo, una procesión, que marcha desde la avenida Universidad, hasta la plaza, recorriendo toda la calle Francisco Sosa, hasta llegar a la capilla, la anda que transporta la estatua, que ha hecho este recorrido desde el siglo XVI, es recibida entre nutridos aplausos, flores y repique de campanas, y se celebra una Misa solemne.
[1] El parque sigue siendo visitado, y preservado, por la delegación Coyoacán, así como los vecinos ayudan de su parte.