Pizarro, aprovechando su condición de fundador y gobernador se adjudicó la manzana entera ubicada en el lado norte de la plaza, entre ésta y el río Rímac.
El historiador y sacerdote Bernabé Cobo señaló con respecto a la plaza Mayor:
El condenado Mateo Salado fue ejecutado ese mismo día en el «quemadero» que se ubicaba aproximadamente donde hoy se encuentra la Plaza de toros de Acho.
Esa misma iglesia es la que actualmente se ubica en el lado oriental de la plaza.
En 1821, José de San Martín proclamó la Independencia del Perú en esta plaza, luego de lo cual salió en procesión llevando la nueva bandera del Perú.
En 1855, el entonces presidente, Ramón Castilla, inauguró el primer sistema de alumbrado público a gas en virtud de lo cual se tendieron los primeros postes en la plaza y, por primera vez, se dispuso el área de jardines ya que, hasta esa fecha, la plaza era un gran terreno sin mayor pavimento.