Pese a que hoy es un caserío semiabandonado, llegó a disfrutar hacia el 1900 de modernos muelles con grúas mecánicas, un activo movimiento portuario, diversos edificios gubernamentales, bancos, casas comerciales chilenas y extranjeras, un Teatro Municipal, hoteles y consulados.

Tras el fin de la industria salitrera, Pisagua se convirtió en un pequeño pueblo principalmente pesquero y que fue utilizado por diversos gobiernos como prisión.

Durante la época prehispánica, la bahía donde se localiza Pisagua era habitada por los changos, un pueblo de recolectores nómades, y que habitó las costas del Pacífico entre Camaná, en el sur del Perú, y el río Choapa.

Para entonces, Pisagua se había transformado en una importante localidad del sur de Perú.

El nitrato era explotado en las oficinas salitreras, ubicadas en la pampa interior, a unos 60 km de distancia.

Pisagua era uno de los principales puertos del Pacífico y, por ende, un preciado objetivo para la escuadra chilena.

Pisagua fue completamente reedificada, adquiriendo un nuevo aspecto urbano, con calles rectas y manzanas más o menos regulares.

Para ese entonces, Pisagua ya era el tercer puerto salitrero más grande de Chile.

Desde su puerto se despachaban buques a destinos tan lejanos como Hamburgo, Amberes o Yokohama.

Estaba dividido formalmente en cinco subdelegaciones: 1.ª Pisagua, 2.ª Santa Catalina, 3.ª Aroma, 4.ª Camiña y 5.ª Camarones.

Esta región estaba dividida en cantones,[11]​ que agrupaban a las salitreras, destacando algunas como San Francisco, Zapiga o Negreiros (la más grande, con una población de 4837 habitantes en 1895).

[15]​ El Registro Civil de Chile tenía en el Departamento tres circunscripciones: Pisagua, Camiña y Negreiros.

Por su parte, Caleta Junín, ubicada al sur del puerto, tuvo una relativa importancia durante el auge salitrero.

Las oficinas salitreras fueron cerradas progresivamente y los obreros migraron hacia el sur del país, buscando nuevas oportunidades.

Muchos detenidos fueron ejecutados bajo el argumento de que intentaban escapar o eran lanzados al mar.

[1]​ Las principales actividades económicas corresponden a la pesca artesanal y la recolección de algas, como el huiro.

Hacia 1997, se logró electrificar el pueblo y durante los años 2000 se pavimentó la Ruta A-40 que permite conectar la ciudad con la Ruta 5 (Longitudinal o Panamericana Norte), ubicada a 39 km al este del actual caserío.

Cruzando esta última carretera, se transforma en la Ruta A-45,[19]​ que conduce al poblado altiplánico de Camiña.

Algunas playas más amplias son Playa Blanca (aislada y con un pequeño islote frente a esta) y la ubicada junto al antiguo Muelle Seis, al norte de la zona habitada.

La flora es prácticamente nula producto del clima desértico y los escasos árboles son el resultado de la intervención humana.

La fauna marina es muy variada, destacando diversas especies de peces, mariscos y crustáceos.

También destacan varios tipos de algas, como el huiro, que están siendo explotadas comercialmente.

En 1973, el cantautor chileno Ángel Parra lanzó el álbum Pisagua, basado en la novela «La semilla en la arena» del escritor comunista Volodia Teitelboim, quien estuvo recluido y detenido en esta localidad.