Nacido en Amberes hacia 1555, habría estudiado el arte del grabado en Roma con Cornelis Cort, fallecido en 1578.
En 1583 Juan de Herrera, deseando dar a la estampa las plantas y vistas topográficas del monasterio de El Escorial, sobre las que tenía la exclusiva, se puso en contacto con él y, tras unas pruebas, firmaron un contrato en 1584 por el cual Herrera le debía proporcionar las planchas de cobre ya dibujadas por su mano y Perret se comprometía a cortarlas por 600 ducados, obligándose a no grabar ninguna otra cosa en tanto no tuviese terminadas las doce láminas convenidas.
Entre 1591 y 1595, quizá de regreso en Amberes, ejecutó algunos grabados alegóricos, entre ellos los célebres homenajes dedicados a Juan de Herrera y Felipe II sobre dibujos proporcionados por Otto van Veen (Venius).
Establecido definitivamente en Madrid se centrará en el negocio del libro, para el que proporcionará no solo portadas y retratos, sino marcas tipográficas y pequeños ornatos.
Casado con Isabel de Faria, de origen portugués, tuvo un hijo de su mismo nombre y continuador del oficio paterno, aunque castellanizando el apellido él firmará Pedro Perete, cuya personalidad, desde Ceán Bermúdez, ha venido siendo confundida con la del padre.