Hacia 1540 el cirujano Hernando Alemán se trasladó desde Jerez de los Caballeros a Sevilla.

[4]​ Se discute el origen converso de Hernando (entre sus antepasados pudo haber un judaizante que murió en la hoguera).

[4]​ Sin embargo, en este tiempo se dedicó también a otros asuntos en Sevilla, donde figura como vecino hasta 1582.

Sin embargo, no llegó a marcharse, sin que se sepa el motivo.

Mateo Alemán pilló al alguacil informándose y lo llamó "tacañillo majadero" un par de veces, produciéndose una fuerte discusión.

[25]​[26]​ De vez en cuando viaja por negocios particulares o con diversos encargos laborales por toda España.

[4]​ El Consejo de las Órdenes Militares le comisionó para ir a Almadén como juez visitador para inspeccionar su mina de mercurio, arrendada por el monarca a los banqueros alemanes Fugger o Fúcares.

Para ello, entrevistó a los presos y otros miembros del personal de la mina.

[29]​ Tuvo que enfrentarse al oscurantismo interesado del apoderado de los Fugger, Juan Jedler, Gedler, Geldre o Xedler (castellanizaciones de Hans Schedler) que acabó multado por ocultarle documentos, e interrogó a varios reos forzados a trabajar allí, casi todos enfermos y enloquecidos por la hidrargiria y los malos tratos.

[30]​ Mateo Alemán redactó un informe secreto sobre la mina de Almadén que fue publicado en 1977 por el escritor Germán Bleiberg.

Alemán, por su parte, respondió a este poema con otro soneto del mismo tema que empieza diciendo "Si ese tu inútil cuerpo, brazos, piernas".

Como Felipe II había muerto en 1598, Alemán retocó la portada para poner que era "criado del rey Felipe III" e introdujo en el texto una referencia a la boda del nuevo monarca.

Sin embargo, no hizo un buen negocio porque tuvo que venderlas por la mitad de ese importe.

[4]​ Debido a la deuda que había contraído en Madrid con Miguel López, fue encarcelado en Sevilla en diciembre de 1602.

[4]​ En 1602 se publicó en Valencia una segunda parte apócrifa del Guzmán de Alfarache, escrita por Mateo Luxán de Sayavedra (seudónimo del abogado valenciano Juan Martí),[36]​ y ambas partes se publicarían en Milán en 1603, atribuidas a Mateo Alemán.

La obra obtuvo las aprobaciones necesarias en octubre y noviembre de ese año.

[4]​ En la primavera de 1604 Mateo Alemán decidió dirigirse a Lisboa para comercializar en este lugar su libro sobre san Antonio, conocedor de la gran devoción que se tenía a ese santo en aquel lugar.

[4]​ En octubre de 1605 ya se encontraba en Sevilla y compró en Umbrete una parcela con pinares.

[4]​ En todo lo que respecta a su viaje al Nuevo Mundo se hizo llamar "Mateo Alemán de Ayala".

Alemán y el ingenio ecijano Bartolomé de Góngora viajaron en un navío del cual era maestre Tomé García.

[4]​ Según cuenta José Toribio Medina, Mateo Alemán iba con una primera edición del Quijote que le retuvieron en la aduana y que pudo recuperar gracias a la intercesión del arzobispo Guerra.

[39]​ En México se hizo amigo del escritor Luis Belmonte Bermúdez, también sevillano.

[2]​ Si bien se suele citar a El Quijote como la primera novela moderna, otros opinan que ese mérito corresponde a Guzmán de Alfarache[2]​ y que esta novela influyó enormemente en Cervantes.

La función de estas novelas fue quizá reposar la acción principal o variar algo la continua digresión moral.

Para Alemán, "la inclinación al mal trasciende a ambos sexos... hasta las víctimas tienen también su tanto de culpa".

En la segunda parte de su Guzmán soslayó que Sevilla era una ciudad que no consideraba debidamente a sus hijos y en su Ortografía castellana se refirió a su ciudad natal como: "mi patria, ¡si dijera mejor madrastra!".

[58]​ Se ha conservado un retrato genuino de Mateo Alemán grabado por Pedro Perret en 1599.

Según Francisco Rodríguez Marín, Mateo Alemán se inventó este escudo propio porque se apellidaba Alemán y era de España,[4]​ aunque no está demostrado que sea inventado.

[59]​ En la parte superior derecha aparece un emblema que muestra una araña luchando contra una serpiente.

Este concepto está tomado de la Historia natural escrita por Plinio el Viejo,[59]​ que dice: Debajo de este emblema está el lema en latín "Ab insidiis non est prudentia", que significa "No hay prudencia en las intrigas".