En la guerra civil española y con la dictadura de Francisco Franco se utilizó como cárcel para presos políticos.
Analizando brevemente los materiales, se observa que el porcentaje mayor (53 por 100) recae sobre las maderas, seguidas a bastante distancia por la piedra (20 por 100) y la cal (19 por 100).
En 1911 se produjo el motín en la fragata Numancia en aguas de Tánger, los marineros declarados culpables fueron encarcelados en el presidio.
[5] Durante la guerra se produce un enfrentamiento en el arsenal de La Carraca entre los cañoneros Lauría y Cánovas del Castillo fieles a la república y rebeldes al gobierno.
El proceso de rehabilitación y reforma finalizó a principios del año 2021.