A la muerte del obispo de Osma Juan de Villareal, en 1379 el cabildo le eligió como su sucesor, con el beneplácito del primado de Toledo Pedro Tenorio.
[2] Tras la muerte de este se mantuvo bajo la obediencia de su sucesor Benedicto XIII hasta que en 1400 solicitó al rey que siguiese el partido de Bonifacio IX.
En 1405, una disputa mantenida en Burgos con el obispo de Segovia Juan de Tordesillas terminó con el apaleamiento de este a manos de los sirvientes de aquel, y aunque Fernández pareció ser ajeno al hecho, sus enemistades en la corte llevaron a sus émulos a aprovechar el episodio para provocar su caída: el justicia mayor Diego López de Zúñiga, el camarero Juan de Velasco, el condestable Rui López Dávalos y el adelantado Gómez Manrique apelaron al rey Enrique, consiguiendo que el cardenal fuera inicialmente recluido en el monasterio de San Francisco y posteriormente obligado a marchar a Roma para resolver la disputa ante el papa, al mismo tiempo que le eran confiscados más de 100.000 florines de sus finanzas personales.
[4][5] Tres años después, abandonando el partido de Benedicto XIII, participó en el concilio de Pisa en que fue elegido papa Alejandro V, quien le nombró su legado en Roma, y en el cónclave de 1410 en que lo fue Juan XXIII, que le nombró cardenal obispo de Sabina y arcipreste de la Basílica Liberiana; también se halló presente en el Concilio de Constanza de 1417 en que resultó elegido Martín V, bajo cuya autoridad ofició como legado en Venecia,[6][7] recibiendo in commendam la sede de Santa Cecilia en junio de 1419.
[2] Fallecido en Florencia en 1420,[8] fue trasladado a Burgos y sepultado en su catedral, aunque su sepulcro desapareció en una remodelación posterior del edificio.