Sin embargo, en 1961 se le propuso a su dirigencia llevar como candidato al coronel Julio Adalberto Rivera para las elecciones de 1962.
El PDC se negó, pero varios de sus fundadores (como Vilanova y Giammatei) se separaron y contribuyeron a la fundación del Partido de Conciliación Nacional, (PCN) que administraría varios gobiernos militares hasta 1979.
Otros dirigentes democristianos, como Carlos Herrera Rebollo, José Antonio Morales Erlich y Adolfo Rey Prendes ocuparían la Alcaldía de San Salvador en los siguientes años.
Otros dirigentes democristianos debieron abandonar el país, y muchos militantes y simpatizantes del PDC fueron perseguidos por el gobierno militar, especialmente en las áreas rurales, a través de la Organización Democrática Nacionalista (ORDEN).
En 1977, la UNO llevó como candidato presidencial al coronel retirado Ernesto Claramount, junto con Antonio Morales Erlich para la vicepresidencia.
De esa coyuntura surgieron las Ligas Populares "28 de febrero", ligadas al Ejército Revolucionario del Pueblo (El Salvador), formado en 1972 por jóvenes democristianos radicalizados, como Alejandro Rivas Mira, Joaquín Villalobos, Lil Milagro Ramírez; entre otros.
De esta manera, el Partido Demócrata Cristiano recuperó su antiguo nombre, sus mismos colores y sus siglas tradicionales "PDC".
Bajo la dirección del refundado PDC, dos años y tres días después fue conformada la coalición política que impulsó la candidatura presidencial de Elías Antonio Saca.