Magaña estudió en el Colegio San José y luego en el Instituto Nacional de Santa Ana, donde se destacó como un estudiante brillante.

Antes de entrar en la política, Magaña tuvo una carrera exitosa en el sector bancario y académico.

Desde 1962, fue funcionario gubernamental en los distintos gobiernos del Partido de Conciliación Nacional.

A su gobierno interino le correspondió preparar las elecciones presidenciales de 1984.

Su gobierno se le destaca por darle inicio a la nueva constitución salvadoreña creada en 1983.