En 1976, se postuló para la vicepresidencia de El Salvador; según él hubiera ganado las elecciones, pero no pudo por las intervenciones militares.
Ese mismo año, su hija, Marina fue secuestrada por guerrillas cuando éstos ocuparon la sede del Partido Demócrata Cristiano; después de un asedio de 15 días, las fuerzas de seguridad tomaron el edificio, matando a varios, Marina salió sin ser herida.
Cerca del final de su sentencia, "fuerzas de seguridad" entraron a la prisión y lo golpearon; fue tan severamente golpeado que tuvieron que mandarlo al hospital.
Morales Erlich consideró que sus críticas personales de los abusos militares pudo haber contribuido a los abusos cometidos en su hijo.
José Antonio, hijo, terminó su sentencia y se mudó a Europa.