En el año 2006, con el uruguayo Aníbal "Maño" Ruiz como director técnico, Paraguay llegaba a su tercer Mundial consecutivo -todo un récord entonces- luego de clasificar -en la penúltima fecha- en la cuarta posición de la fase eliminatoria sudamericana (nuevamente, igual que en 2002).
En el primer partido ante los ingleses, la suerte no estuvo a favor de los guaraníes: un tiro libre de David Beckham a los 6', sería desviado de cabeza por Carlos Gamarra quien anotaría un autogol, que resultaría en el único tanto del encuentro, y dos minutos después, el equipo sufriría la pérdida del arquero Justo Villar -de lo que restaba del Mundial- luego de lesionarse.
Conscientes de que Suecia sería su principal rival para la clasificación, Paraguay intentó ganar el encuentro pero no pudo mejorar el mediocre desempeño demostrado en el primer partido.
Cuando parecía que el partido terminaría sin goles, el escandinavo Fredrik Ljungberg anotaría para su equipo casi al final del partido, sobre los 89', dejando así a Paraguay sin chances de clasificar a octavos de final, quedando eliminada.
Este mundial acabó siendo considerado un fracaso al tener que retornar a casa más temprano de lo pensado, pues en los dos últimos mundiales consecutivos que había ido Paraguay, había clasificado a los octavos de final al menos.