Un año más tarde jugaría en el fútbol argentino para el Atlético de Rafaela en donde permaneció por tres años.

Más tarde regresaría a su país para integrar el Club Libertad con el que se consagra campeón en 3 ocasiones de la liga paraguaya.

En 2008 obtuvo con este equipo dos subcampeonatos de Primera División en los torneos Clausura y Apertura.

Sin embargo en el segundo semestre, el club logra el campeonato del Torneo Clausura de forma Invicta, siendo Bonet gran artífice y capitán.

En enero de 2019 anunció su retiro del fútbol y en un partido del club cerro porteño se lo homenajeó y se le dio una camiseta con la número 11 la que usaba cuando jugaba en ese equipo .